Quando coloco o pendrive para ouvir músicas no som do carro elas aparecem duplicadas com o prefixo "_", porém as músicas com esse prefixo são invisíveis no Mac já que quando coloco o pendrive não mostra as músicas "_filename" e em PC esses arquivos aparecem. Tem alguma forma de deletar esses arquivos no Mac? Tem algum aplicativo que o faça?

Esses arquivos que por padrão são ocultos no mac guardam informações e atributos dos arquivos, e como em outros sistemas que não são baseados em unix, eles acabam aparecendo por serem "incompatíveis" com o SO.

Para remover eles faça o seguinte (no mac): 

Abra uma janela do Terminal e vá até o seu pendrive e/ou HD-Externo, digitando cd /Volumes/ e aperte a tecla TAB (se precisar, mais de uma vez). Serão listados os volumes presentes no momento. Escolha o volume do seu HD-Externo e/ou Pendrive. Aperte ENTER.

Digite find . -name ‘._*’ -exec rm -v {} \; e aperte ENTER. O sistema buscará no seu dispositivo portátil os arquivos iniciados em ._, e os apagará. Você terá que fazer isso sempre que copiar novos arquivos para seu Pen drive.