O PDF/A incorpora todas as fontes no documento, para que seja possível visualizá-lo igualmente em qualquer visualizador de PDFs, pois ele não utilizará fontes externas, não executará scripts etc. A ideia dele é preservar o PDF para acessos futuros, quando esses recursos poderão estar indisponíveis ou inutilizáveis. Porém, quando o PDF é salvo em PDF/A, ele também evita alterações no arquivo, sendo necessário convertê-lo para PDF novamente para poder, por exemplo, remover a marca de assinatura do certificado. Nesse caso, quando ele for salvo novamente, os metadados dele serão distintos (data de criação/modificação etc.), então se for utilizado algum sistema que grave o HASH do documento ou utilizado algum parâmetro de preservação de integridade (tamanho do arquivo, data de criação, data de modificação etc.), dá pra se contornar a questão de se remover a assinatura digital do documento. Não me recordo agora, mas acredito que o Acrobat acuse quando houver alteração em arquivos no formato PDF/A, mas precisaria testar pra te dizer com certeza.