Sobre o quanto cobrar...
Eu consideraria:
Quanto tempo vai durar o projeto, isto é : PRAZO
Você vai se dedicar exclusivamente ao projeto? 8hr/dia?
O quanto você espera ganhar por mês? Quanto vale seu trabalho?
Qual o seu custo de manutenção durante o prazo do projeto?
Então, o custo total seria ( PRAZO * NUM HORAS * CUSTO HORA ) + MANUTENÇÃO.
Logo, num projeto de 2 meses, com 2 desenvolvedores tirando R$ 3mil/mês (bruto)... o custo seria no mínimo R$ 12mil, sem contar os custos com luz, água, aluguel, equipamentos, etc...
Sobre a distribuição para empresa... na boa, em face a um custo de R$12mil ou mais... U$299,00 é pinto, né?