Com o plugin Perian você pode converter o vídeo direto pelo quicktime e se o vídeo tiver legenda srt ele embute a legenda no vídeo para assistir no Itunes, Iphone, Ipod, Ipad e Apple TV.
http://perian.org/
Mas se você quiser um conversor com mais opções recomendo os três abaixo os quais são gratuitos:
Vídeo Monkey:
http://videomonkey.org/
HandBrake
http://handbrake.fr/
Evom:
http://www.macupdate.com/app/mac/31366/evom