Boa tarde!
Recentemente passei por esta situação.
Para instalar o Windows no HD externo, procedi conforme a indicação deste link: http://www.intowindows.com/how-to-install-windows-7-on-usb-flashhard-drive-easy-way/ , lembrando que você precisará de uma partição NTFS primária e ativada (se tiver alguma dúvida sobre a criação das partições, pode realizar o passos descritos neste outro guia: http://buttur.com/how-to-install-windows-8-on-external-hard-disk ).
De quebra, ainda criei outra partição no HD para usar como Time Machine. Para isso, basta especificar o tamanho da partição que vai usar para o Windows e depois criar outra partição para usar com o MAC usando o diskpart. O tipo da partição será "af" ao invés de "ntfs". O comando fica assim:
create partition primary id=af
Quanto a velocidade, utilizei outro HD mas na USB 2.0 e já quebra um galho. Com USB 3.0 ainda não tive a oportunidade de usar, pois meu MAC MINI mid 2011 ainda não as têm.
Valeu pessoal!