É exatamente isso que acontece quando conecta em um dock station, todos os controles passam a ser do player e nos aplicativos/botões do iPhone não dá pra controlar o volume.
Estou com o mesmo problema em um 4S comprado em janeiro nos EUA.
Se eu fico tirando e colocando o cabo usb no iPhone, mesmo desplugado na outra ponta, volta por um tempo, depois da problema de novo.
Estou vendo uma maneira de mandar pra algum amigo nos EUA pra trocar enquanto está na garantia.