O meu setup é muito parecido com o seu: SSD Intel + Optibay com 1TB, porém em um Macbook Pro, só não fiz o Fusion Drive. Quando montei essa config criei um Fusion, mas a performance não ficou legal. Fiquei aproximadamente um mês, mas nunca notei este comportamento que você relata... depois disto desfiz o Fusion e deixei OS e aplicativos no SSD e todo o resto no HD, incluindo a Home. Ficou bem mais rápido e responsivo, e com o tempo não degradou, inclusive ficou melhor!
A única observação é sobre o TRIM no SSD, de sempre observar se está habilitado.