Lucas U.

É possível sim que a limpeza de placa possa vir a causar problemas, mesmo sem danificar componentes fisicamente. E a grande questão é ELETRICIDADE ESTÁTICA. O corpo humano pode armazenar e descarregar mais de 10.000 volts eletrostáticos. Se você pegou diretamente na placa sem usar equipamento antiestático (como luvas anti-ESD, por exemplo) e/ou usou uma escova que não é anti-ESD, você pode causar danos na placa, criar resistências nas trilhas que só tendem a aumentar com o tempo e que as vezes somente com um osciloscópio pra detectar.
Não estou de forma alguma dizendo que é isso, mas a probabilidade é grande quando não existe o uso do equipamento correto.
É preciso investigar melhor.
EDIT:
se liga nas fotos > https://www.quora.com/How-can-static-electricity-damage-in-a-computer-be-identified

hummm. tem mais coisa aí então. esse cleanMyMac sempre achei que fosse vírus ou malware...hehehe
bom, então o seguinte. antes de desmontar tudo de novo eu formataria e reinstalaria o sistema. tudo do zero. se com o sistema zerado não tem mais travamento, aí instala o software da mesa, testa se trava. se nao tiver travamentos, instala o próximo, e assim sucessivamente. tem que ir testando uma variável de cada vez pra ver o que pode estar dando pau.

como vc fez a limpeza da placa? acho pouco provável uma limpeza gerar problema, a menos que você tenha danificado algum componente, algum trilha. mas mesmo assim, aí acho que o mac nem ligaria ou teria um comportamento mais estranho.
qual pasta térmica voce usou? de boa qualidade? vc aplicou a quantidade correta? nem muito nem pouco?
instala o istat menus: https://bjango.com/mac/istatmenus/ e verifica as temperaturas, se a temperatura do processador e gpu sobem muito até travar.
eu desmontaria tudo de novo, limparia a pasta térmica e colocaria novamente.
outro detalhe, será que voce não esqueceu de religar algum sensor durante a remontagem? o cooler tá funcionando? tá escutando o barulho dele?
pasta térmica recomendo a Arctic MX-4. é das melhores que se encontra no mercado.
abraço