Então pessoal, tenho problemas similares no meu MBP 13" final de 2011(16GB de ram e SSD128 HyperX3k), efetuei a atualização pois estou sem tempo de fazer um instalação limpa, o detalhe é que a maquina está com um rendimento inferior as Yosemite, deixo sempre minha maquina em repouso,(raramente desligo) ao digitar a senha de acesso o mac fica alguns segundos até efetuar o login, no Yosemite era quase que instantâneo, logico que isso não vai fazer eu morrer, mas é chato. Outro detalhe são os bugs no safari, que repentinamente trava e demora uns 5 segundos para voltar ao normal, chega inclusive a aparecer a bolinha colorida da morte -). Tive problemas ao trabalhar com varais janelas no meu monitor externo também. Fora outros pequenos bugs e nem levei em consideração.
Em suma não gostei do rendimento do El capitão, entretanto não fiz nada para tentar solucionar isto, zerar NVRAM por exemplo. Assim que tiver um tempinho vou analisar melhor realizar uma instalação limpa e tals.
Em relação ao IOS 9.0.2 pelo amor de Deus, ta uma bostinha, chego a ter impressão que a obsolescência programada da Apple está cada vez mais rápida.