Tem que formatar pelo menos uma partição HFS pro Time Machine... Eu uso Time Capsule que é só pro Time Machine, mas parte do espaço eu uso pra guardar arquivos temporários que não vão pro becape...
Tenta copiar as outras coisas que tem no seu HD pra um lugar seguro, formata e usa o Time Machine. Se não for possível (falta de espaço), vê se dá pra fazer pelo menos uma partição em HFS (Mac não usa NTFS).
Ah, o Windows reconhece minha Time Capsule e eu posso copiar/mover arquivos nela. Mas provavelmente é por causa dos drivers do AirPort Utility, então se sua intenção é partilhar arquivos com o Windows usando HD externo, não sei bem como funciona.
Mas pra becape é simples: espeta um HD formatado em HFS e pronto.