Thiago Alcantara

Você perdeu as duas Yubikeys? Pois não é possível adicionar apenas uma, a conta Apple EXIGE duas (sendo a segunda como backup, claramente).
Falo por experiência pois tenho as yubikeys como trava em todas minhas contas, e, se não me falha, como terceiro backup ainda há a opção das 24 palavras ativadas com a proteção avançada de dados, para casos como esse também.
Se você perdeu as duas chaves e qualquer outra forma de recuperação, a Apple não tem como remover isso, com nota ou sem nota. Na hora que você adiciona uma chave Fido isso fica bem claro nas configurações (e mesmo com as chaves, a senha do Apple ID é necessária como primeira camada).
Comprar outra Yubikey não serve de nada, já que elas são fisicamente atreladas ao ID que você as adiciona, não tem como "clonar" ou usar uma nova. Perdeu, já era.
Infelizmente seu aparelho acabou de virar um peso de papel, por isso a Yubico e qualquer canto que você adicione uma chave física, avisa diversas vezes pra anotar a recuperação ou ter pelo menos mais uma chave bem guardada como reserva, o ideal sendo 3.