Identifiquei a duplicidade dos arquivos e apaguei os arquivos duplicados. Mesmo assim, não funcionou. Hoje, após atualizar o Big Sur para a versão 11.3, ele funcionou. Está funcionando até o momento. Pelo que observei, o Big Sur está com uma melhor compatibilidade com os tokens, inclusive, instalei o Shodo (do TRT), que sempre gera incompatibilidade, sempre qualquer dificuldade.
Estou agora, em busca de fazer funcionar a assinatura do Assinador .jnlp, do TCE. Ele abre, pede a assinatura do token, mas não assina, nem aparece o nome do token. Pela quantidade de tentativas realizadas sem assinar, ele acabou bloqueando a senha do assinador, como se a senha estivesse incorreta. Não tentei mais depois disso.
Se souber alguma solução para esse caso e puder ajudar mais uma vez, ficarei extremamente grato.