Já tive ambas e ambas tem seus pontos fortes e fracos. Ainda assim, prefiro a de Couro (que não era minha primeira opção quando comprei).
Silicone
Vantagem: ótima aderência e conforto ao segurar, caso caia, oferece melhor proteção ao impacto por conta do material utilizado. Além disso, é mais difícil sofrer danos e não perde a qualidade/beleza com o tempo; Desvantagem: pela alta aderência do material, se torna horrível colocar/tirar do bolso, principalmente se você usa um modelo Plus.
Couro
Vantagem: também tem um ótimo conforto ao segurar, fácil de colocar/tirar do bolso, além de ser bem bonita; Desvantagem: se cair, vai marcar na hora, com o tempo pode descascar e desbotar, menos aderência na mão que as de silicone.