Sempre que desenvolvo algo mais complexo, é inevitável pegar um padrão e seguir por ali até funcionar, então testamos em outro padrão (notadamente o IE) para ver quantos bugs vão aparecer - só que aí já temos uma base que funciona.

Feita essa preleção, passemos aos bugs:

CSS: e não é nem o 3, o IE não está sobrepondo as camadas, mesmo com discriminação z-index. Uma div estava com um degradê que é um filtro no IE, tirando o filtro a camada (div) foi pro lugar dela. Só que perdeu-se o efeito também. Bordas arredondadas se consegue com um "behavior" que deixa o site pesadíssimo, não sei se vou usar...

setTimeout: essa é difícil de entender. Este método do window em JavaScript tem a mesma função e síntaxe de outras linguagens, até o AS3 é assim. Pois o IE usa a síntaxe que do .net:

http://msdn.microsoft.com/en-us/library/ms536753(v=vs.85).aspx

Ou seja: setTimeout(função, tempo, LINGUAGEM) ao invés de setTimeout(função, tempo, PARÂMETROS)

Como diria Falcão Azul ao Bionicão: - assim não dá!

Como vocês estão lidando com estas controvérsias? Dois sites ou é possível um para todos?

Você pode usar condicionais para definir estilos para o Internet Explorer. Na verdade não só estilos, mas qualquer coisa. Usar filtros no IE é complicado, não aconselho.

<!--[if IE]>
<style type="text/css">
// block
</style>
<![endif]-->

Se tratando de Javascript, é muito mais interessante usar o framework jQuery. Na maioria das vezes você não precisa se preocupar com compatibilidade de browsers.

Você pode usar condicionais para definir estilos para o Internet Explorer. Na verdade não só estilos, mas qualquer coisa. Usar filtros no IE é complicado, não aconselho.

<!--[if IE]>
<style type="text/css">
// block
</style>
<![endif]-->

Se tratando de Javascript, é muito mais interessante usar o framework jQuery. Na maioria das vezes você não precisa se preocupar com compatibilidade de browsers.

Pois é, eu estava tentando fugir dos condicionais porque implicam em criar duas CSS, dois JS, etc., mas acho que vou ter que me render a eles. Alguns efeitos rendem pelo menos três linhas: IE, mozilla e webkit. Tem esse cara aqui que reproduz uns efeitos CSS que o IE não faz: "behavior:url(PIE-1/PIE.htc)" mas deixa pesado pacas.

O jQuery apresenta algumas incompatibilidades com o IE. Poucas e dependendo da versão, mas às vezes críticas. Já usei, mas não aconselho para inexperientes porque é uma maravilha até que dá problema. No meu caso, tive que fazer um preloader de página e JavaScript para o IE, senão dava problemas de sincronismo com os dados que vinham de uma base, e isso não é muito simples de fazer.

Sobre o CSS, é praticamente impossível criar uma folha de estilos sem problema algum pra todos os navegadores, depois que passei a usar folhas condicionais meu desempenho melhorou 100%. Sobre javascript nunca tive problemas.