Verifica se o Backup automático do TimeMachine está ativado. Pode ser isso. O sistema fica criando backups dentro do hd para caso você queria recuperar algum arquivo apagado ou alterado ou mesmo retorna o sistema a uma data anterior. Isso ocupa muito espaço em disco. Deixe a função em Inativo como eu faço aqui. Opte por fazer backups manuais utilizando disco externo já que tem pouco armazenamento interno.
Rudolfh Ramyller Araujo Bantim deu reputação a Debuah em Mac OS Sierra ocupando mais de 50% com o sistema