No Mission Control, tem a opção "As telas possuem Spaces separados" (precisa de reinicialização) que foi desmarcada com a nova atualização. Ao deixar ela marcada as telas permitem usar aplicativos em tela cheia de forma independente nos dois monitores.
Resolvi postar a solução aqui, mesmo depois de 4 anos da última resposta, para ficar registrado e auxiliar outras pessoas a solucionar o problema, pois com a última atualização (macOS Sierra) essa opção do meu Mission Control simplesmente foi desmarcada e eu quebrei a cabeça para relembrar como solucionar.
Ao pesquisar na internet me deparei com esse tópico e ao ler a resposta do colega L. Pippa, lembrei do Mission Control.
Grande abraço.