Vai ser difícil funcionar de primeira.
Se o sistema chegar a ligar após a atualização, muito provavelmente você estará com as kexts desatualizadas, e precisará trocar a versão.
Acontece também do sistema simplesmente não dar mais boot, travar no logo da Apple, mas ai podem ser vários problemas, kexts incompatíveis, arquivos importantes para boot que foram removidos durante o Update, etc...
Nesses casos eu tentaria o safe mode ou single User pra arrumar, mas nunca precisei porque até hoje fiz somente uma atualização pela App Store, e ela deu parcialmente certo (tive que rodar o Multibeast novamente depois de atualizar).
Alessandro Souza deu reputação a lucasamorim em Atualizar meu Hackintosh Yosemite para El Capitan