É mais trabalhoso, mas recomendo fazer a restauração manualmente, depois da instalação. O Time Machine ainda é utilizado, mas para restaurar pasta a pasta. No caso das pastas que o sistema cria, como as do usuário (músicas, transferências, etc) eu não restaurava a pasta em si, apenas o conteúdo.
Sempre fiz isso quando realizava downgrade de OS X, dava um trabalhão, mas não dava problema.
