Michel Joaquim Quintiano

Eu uso essa caneta especial da Wacom: http://www.wacom.com/en-us/products/stylus/intuos-creative-stylus-2
 
Para quem já usou tablets de desenho antes, essa caneta é perfeita No meu caso, por eu ser arquiteto, eu desenho muito, então essa caneta é a melhor que tem! ela é sensível a pressão como se fosse um lápis/canetinha/marker.

Para leituras e anotações em arquivos PDF eu utilizo o GoodReader.

Willian
Eu tenho uma Jot Pro e uma Jot Script é para anotações em aula tenho preferido a Jot Pro.
Como a Jot Script desliga se ficar um tempo sem uso o fato de ter que ligá-la para começar a escrever acaba me atrapalhando, mas gosto muito dela quando para utilizar em anotações contínuas.

Eu recomendo essa:
https://www.evernote.com/market/feature/stylus?sku=STYL001001
 
JOT SCRIPT EVERNOTE EDITION STYLUS

tenta investir em uma stylus legal, não essas essas canetas chinesas não  

Eu recomendo o bom e velho caderno+caneta+lápis..... mas se quer usar ipad eu gosto do Evernote (tem versão ios. windows e osx), que tem uma stylus ponta fina, coisa linda... da uma olhada... 

Cara, iPad ajuda muito. Ainda mais quando você precisa ler textos para provas e trabalhos, você sentirá a diferença entre notebook/pc -> iPad.
Joga todos seus textos no dropbox e abre no iPad, só alegria.

Olá!
Eu consideraria bastante a compra do teclado da Apple para ele, pois nada como ter teclas de verdade na hora de digitar algo mais extenso do que um ou dois parágrafos, ou acompanhar uma explicação digitando, como se faria com uma caneta/papel... Principalmente se você digita corretamente (usando todos os dedos ☺️).
Se não puder esperar o iPad Air 2, como foi dito, eu iria de Air 64Gb, pois você vai ter vários materiais armazenados, fotos e vídeos das explicações (às vezes melhor do que ficar copiando no caderno)...
E aproveita também o Office para iPad (Word, Excel, PowerPoint)... Os da Apple dão conta sim, mas haverá momentos (trabalhos em grupo, por exemplo), em que a compatibilidade fará diferença!
Edit: Em tempo, eu daria,preferência,pelo teclado da Apple, ao invés daqueles cases com teclado, pois ele é leve e prático, e você não precisará dele o tempo todo para ficar carregando 100% do tempo... Ah, já ia esquecendo, não esquece o adaptador para hdmi, muito útil quando for conectar o iPad em projetores para apresentações!

Michel, vale muito a pena! Facilita bastante nos momentos de estudo, já que é uma ferramenta fácil de ser carregada para todos os lugares. Como Igor já mencionou, o conjunto de ferramentas disponíveis para o iPad serão uma mão na roda para o seu curso. Utilizá-lo como caderno é um problema. Não direi que é impossível, mas é uma adaptação muito complicada a se fazer...Parece que não é a mesma coisa do que quando você está com o lápis e o papel na mão, se é que me entende... É difícil até de explicar! Utilizo o Notability e vale muito a pena, possui muitas ferramentas interessantes e integradas até mesmo com outros aplicativos, como por exemplo, o Numbers. Recomendo você comprar o iPad Air de 32Gb, caso não possa esperar a chegada do iPad Air 2 que apresentará ganhos de performance consideráveis. Abraços!

Eu tenho usado o iPad como caderno na faculdade com o Notesplus e tem dado certo.
O Notesplus foi o App que mais gostei. Dos que você citou só não testei o Notability e para mim o Notesplus é o melhor.