Não, se você instalar via Wi-Fi (OTA) tudo vai continuar no mesmo canto, pois não é uma restauração, é só uma atualização que só instala as modificações e não o sistema como um todo. O que apagaria tudo é se você fizesse uma restauração pro iOS 7, aí sim, ele ficaria zerado como se tivesse saído da caixa. Porém, antes de fazer qualquer update, é muito aconselhável fazer um backup dos seus dados, seja no iTunes ou no próprio iCloud, pois nunca se sabe se vai acontecer algum erro durante a instalação ou instalação mal feita.
Luis Adrian deu reputação a Heitor em iOS 7 - Backup ou instalação limpa?