Hoje em dia acredito que a melhor opção seja usar ExFAT com MBR. funciona nos mac desde o snow leopard, nos linux (usando FUSE) e nos windows desde o vista (a'te no XP se ainda tiver gente usando desde que instale um update).
Se você realmente se preocupar com compatibilidade, crie ums 2a partição de uns 8Gb formatada em FAT com os drivers para XP e Linux.
ExFat aceita arquivos de tamanho quase ilimitado.
Usei bastante o Paragon, inclusive ele vem(ou vinham) de brinde nos HDs externos da Seagate.
Parei de usar quando, como usuário de Parallels e Bootcamp, descobri que o Parallels desabilita suspender a máquina virtual do Bootcamp se vc tiver o Paagon ou o ntfs-3g instalados no sistema.