Eu uso o Handbrake, muito bom, ele tem até suporte para legendas, mais precisamente soft subtitles, voce consegue ativar e desativar do proprio iPhone. Voce pode baixalo no Baixaki: http://www.baixaki.com.br/mac/download/handbrake.htm
se a sua intenção for apenas assistir, eu muitas vezes uso o Airvideo, app disponivel na appstore, que faz a conversao em tempo real, e tambem tem suporte a legendas, abs, qualque coisa pergunte.