Meio tarde para reabrir o tópico, porém acredito que o problema não inside na placa mãe, e sim no sistema operacional, venho tendo o mesmo problema em meu MacBook Pro 2011 late, e passei a ter o problema após a atualização de sistema via open-core, para o sistema macOS Monterey. instalei a versão anterior (BigSur) em um outro HD e quando bootava pelo mesmo, não apresentava problemas com o slot superior na placa mãe. Acredito que um upgrade de sistema ou até mesmo um downgrade, possa resolver o problema.