Eu tive esse problema com meu Macbook novinho e investigando e fazendo testes descobri que tinha um detalhe, se eu colocasse em uma outra tomada diferente da minha mesa funcionava. Então pude perceber que o filtro de linha onde estava conectada a fonte do Macbook possuia outros dispositivos conectados (ex. nobreak e uma impressora), fiz um teste desconectando os outros dispositivos do filtro de linha e para minha surpresa o Touch ID funcionava normal.
Agora não sei que relação que existe com os outros dispositivos, se é questão de estar acima do recomendado para o filtro de linha, ou se os outros aparelhos estão gerando algum tipo de interferência que afeta o MacBook.