Beleza? O CarPlay não roda os apps por conta, ele está fazendo o mirror do sistema do iPhone. Mas esse mirroring deveria parar quando você aperta o home e escolhe outro app.
Assim, neste seu caso, o certo é ir no telefone e fechar o app por lá (arrastar pra cima e fechar). De preferência, no caso do Waze, encerrar de fato a navegação (clicar no X na interface dele), depois fazer isso de encerrar o app.
De fato, não seria necessário fazer isso, mas o Waze dá umas bugadas de vez em... sempre.