Me parece que você já fez todos os testes que estavam ao seu alcance, mas não posso lhe recomendar a compra de outra backplane board no escuro, pois o comportamento que você reportou na processor tray indica que talvez possa haver algum problema diferente. Então o ideal seria testar outras peças funcionais na sua máquina para ter certeza do problema.
Se você estivesse em SP poderia analisar para você, mas como não está, posso recomendar o pessoal da MacCentris.
Já forneci algumas peças para a unidade deles de SP e são de confiança, possuem várias avaliações positivas.
O seu Mac Pro ainda tem muitos anos de vida pela frente, então independemente do que seja necessário reparar/substituir, não tenha dúvidas de que valerá muito a pena.
Realmente este comportamento de desligamento intermitente geralmente é causado por algum problema na placa principal, mas isso que reportou na processor tray me deixou um pouco intrigado.
Você já testou pentes de memória diferentes, ou até mesmo um único pente?
Você utilizou processadores delided no seu upgrade, se não, como está o aperto dos heatsinks?
O heatsink da ponte norte do chipset está com os grampos em ordem (parte dele fica abaixo da CPU A)?
victorchagas deu reputação a Steve's Garage em Mac Pro não ligando - Early 2009