Olá,
Primeiramente, acho estúpido o iTunes ainda armazenar apps de iDevices (especialmente agora com o iCloud), até porque não rodam no mac. Sempre deixei desabilitada esta opção; organizando os apps diretamente do iPhone/iPad (se quero reinstalar um app, basta ir à AppStore e baixar de graça).
Hoje pela primeira vez fui sincronizar meu iPad no iTunes 11 e percebi que o checkbox de Sync Apps desapareceu. Assim, o iTunes iria transferir todos os meus apps do iPad para o Mac, ou iria apagar todos os apps do iPad.
A Apple realmente removeu esta opção? Para músicas, Filmes, Livros, Podcasts, etc... o checkbox continua! Alguém sabe como contornar isso?
Abraços