Augusto Rocha

Prezado, tive este mesmo problema e consegui solucionar de duas maneiras.
Só pra ficar claro para os futuros leitores, aqui o problema não está no certificado, mas nas configurações do PJeOffice ou do Java.
Ao iniciar o PJeOffice, ele trava e retorna a seguinte mensagem: "Erro ao iniciar o PjeOffice, mensagem interna:null."
No Log consta: "Erro na inicialização do assinador, mensagem interna: java.lang.Exception: Erro ao persistir as configurações, mensagem interna: null"
 
No meu Mac (Monterey 12.0.1 (21A559) Processador Intel) de duas maneiras diferentes:
* Primeira maneira:
1 - Criei um novo usuário do computador no menu Preferências de Sistema > Usuários e Grupos. Pode ser tanto um novo usuário administrador quanto um usuário comum.
2 - Abri o PJeOffice, que não apresentou nenhum erro.
3 - Cliquei no ícone do PJeOffice, depois na opção Sistema, e cliquei 5 vezes no número da versão para ativar o modo desenvolvedor.
4 - Cliquei no ícone do PJeOffice, depois na opção Configuração de Certificado > PKSC12 > Adicionar e então selecionei meu certificado modelo A1. 
Caso seu certificado seja modelo A3, a opção correta será Configuração de Certificado > PKSC11 > Adicionar e então encontrar a pasta /usr/local/lib e selecionar o driver “libaetpkss.dylib” ou similar
Com isso eu percebi que o problema é algum resquício de registro que ficou gravado nas pastas do usuário, e que não existem no usuário novo.
A partir daí, segui para uma solução em que não seja necessário criar um novo usuário, conforme explico a seguir.

** Segunda maneira: Neste modo não é necessário criar um novo usuário. Fiz tudo utilizando o usuário normal, que no meu caso tem perfil de administrador.
(importante, não esvazie a lixeira nesse processo, pois se não funcionar para você, talvez seja melhor reverter).
1 - Desinstalei Java usando o Terminal com o seguinte comando: 
sudo rm -fr /Library/Internet\ Plug-Ins/JavaAppletPlugin.plugin
sudo rm -fr /Library/PreferencesPanes/JavaControlPanel.prefPane
sudo rm -fr ~/Library/Application\ 
Support/Oracle/Java

2 - Movi o arquivo PJeOffice.app para a lixeira e então excluí o arquivo definitivamente:
3 - Na pasta do usuário atual, usei o atalho SHIFT+COMMAD+. (tecla ponto final) para exibir pastas e arquivos ocultos.
4 - Na pasta oculta ".oracle_jre_usage " movi todos os arquivos para a lixeira. 5 - Na pasta "Biblioteca/Saved Application Sate/net.java.openjdk.cmd.savedState/" , movi todos os arquivos para a lixeira. 6 - Na pasta "Biblioteca/Preferences/" , movi os seguintes arquivos para a lixeira:
   br.jus.cnj.plist    com.apple.java.util.prefs.plist 7 - Desliguei e liguei o Mac, loguei no meu usuário normal. 8 - Instalei o Java mais atualizado (no momento o Java 8 update 311). 9 - Baixei o arquivo "pje-office_x64.dmg" do site do PJe, abri a imagem e copiei o PJeOffice.app para Aplicativos. 10 - Abri o PJeOffice.app normalmente, que funcionou sem erros.  11 - Instalei meu certificado modelo A1: Cliquei no ícone do PJeOffice, depois na opção Sistema, e cliquei 5 vezes no número da versão para ativar o modo desenvolvedor. Cliquei no ícone do PJeOffice, depois na opção Configuração de Certificado > PKSC12 > Adicionar e então selecionei meu certificado modelo A1. Só isso, problema resolvido aqui.

Prezados, o tutorial http://www.severianomiranda.com/pje-no-macos-high-sierra/ está bem atualizado e está funcionando pra muita gente.
Mas eu, que não tinha visto ainda este forum, usei um outro tutorial de 2014 https://ivobrasil.wordpress.com/2014/11/07/safesigntoken-da-oab-no-mac/ , muito parecido, e deu tudo certo também.
Tive um problema já no final, porque o PJe Office não identificava o certificado. Resolvi fazendo isto: http://www.pje.jus.br/wiki/index.php/PJeOffice#PJeOffice_no_MAC
Ah.. um detalhe que eu estava esquecendo, não testei esaj, mas funciona no site da receita e com PJeOffice, usando versão atualizada do Firefox. 58.0.2 (64-bit)