hyltonjr,
Passei por essa necessidade e criei um script em Python que resolve meu problema.
Se quiser testar fique a vontade.
from os import rename
from os import listdir
arquivos = listdir('.')
for musica in arquivos:
if musica.endswith(".mp3"):
rename(musica, musica.replace(musica[0:2],""))
#Nota, da forma que está só serve para arquivos com duas casas decimais no início. Ex: 01,02,03