Desses apps que citou somente o Netbeans eu usei aqui no Sierra e funcionou normalmente, bem como o Android Studio (2.1 e 2.2) também, então para desenvolvedores o sistema esta aparentemente ok. Os demais que citou eu não uso então não faço ideia, mas creio que esta funcionando.
Aproveitando quero compartilhar a minha experiência com o Sierra, que por sinal vem me agradando muito. Tenho um Macbook Pro de 2011 com SSD e instalei por cima do El Capitan mesmo, não tive problemas e nem senti que o sistema herdou "lixo" do anterior, porém um detalhe até que besta: os mini videos acerca de mouse e trackpad nas preferencias do sistema não funcionam.
Não se enganem, não é porque é print, esta assim mesmo, não importa qual opção eu selecione não mostra o respectivo video do lado mostrando como usar.
Tá certo que já sei o que fazem mas achei estranho, mais alguém com esse "bug" ai?
Bruno Oliveira Notario recebeu reputação de Ricardo Marcílio De Britto em macOS Sierra - Primeiras impressões