Sim, funciona super bem! Uso principalmente o Notability para as minhas anotações, e ele é bem preciso (e o app é excelente, vale cada centavo!).
Em relação a livros, reparei em apenas dois problemas, sendo que para um já consegui solução:
- No iBooks não há suporte para marcações em arquivos pdf, apenas em ebooks comprados na loja. Para os ebooks a marcação é bem precisa, e não há necessidade de selecionar e depois mandar marcar: ele já marca automaticamente à medida em que você passa o lápis no trecho que quer. Para os PDFs, resolvi comprar o app PDF Expert, que dizem ser excelente para anotações em PDF.
- No app Inkling (um leitor de ebooks próprio de algumas editoras de livros texto) tenho bastante dificuldade em usar o Apple Pencil para marcações: não é muito preciso, e tem um comportamento meio errático. Mas acho que é uma questão do aplicativo em si, já que outros apps não fazem o mesmo. É aguardar atualizarem.