Sei não, mas o OS Lion ainda é muito novo ou talvez ele baixado da internet ou de um DVD original tenha alguma diferença igual ao problema que você está tendo com o Time Machine.
Você já tentou reinstalar o Snow Leopard novamente?
Faça um back up manual das coisas que você salvou no OS Lion na partição NTFS do seu HD externo porque pelo menos o Time Machine criado é do SO anterior, então no SL e é bem provável que funcione.