A line-in é para a conexão de dispositivos de áudio tais como um microfone ou um instrumento musical! Se não me engano em algum vídeo demonstrativo do Garage Band é usada essa porta para se conectar uma guitarra!
E a line-out
É nada mais nada menos que a entrada de fones, ou para caixas de som externas no seu Mac, a diferença, é que ela além de analógica ela possui saída digital óptica, o que permite conectar seu Mac a home theathers e derivados, ou seja, seu Mac com um som 5.1 ou maior ;].
Para fazer essa conexão se usa um cabo Toslink-mini-Toslink, na qual a Toslink você conecta a porta digital óptica do seu home theather e a mini-Toslink no seu Mac.
Existem vários cabos e adaptadores por aí, se quiser ir um pouco mais a fundo espere resposta dos nossos colegas, ou dê uma visitinha no site da Monster Cable e veja um desses cabos ;]