Gabriel, obrigado pela dica.
Percebi que isso começou em uma atualização do Lion. Gostei, pois pude verificar que ao plugar o HD externo com a partição do Time Machine, ele sincroniza todos esses backups, fazendo com que meu backup fique o mais completo possível (diferente do que acontecia antigamente que só fazia backup do momento em que eu lembrava de plugar o HD externo).
Será que não tem como manter os backups locais, mas quando eu sincronizar com o time machine eles serem automaticamente apagados?
Obrigado.