Dependendo do tipo de conexão do mouse isso pode afetar. Se for USB, você pode tentar usar aqueles adaptadores USB>PS2, pelos meus testes aqui, tive a impresão que afetava. Tenho um confort mouse 3000 (M$) só funciona em PS2 e com esse adaptador. Até dá pra aumentar a velocidade de rolagem nas preferências do sistema, mas nunca fica tão rápido quanto no windows.
P.s.: O Driver da Microsoft só funciona em USB aqui comigo, então os botões não ficam configuráveis em PS2.