eijoao, assim como você sou viciado em filmes, agora tenho que lhe dizer, você esta fazendo tudo errado.
handbrake você pode usar ele para colocar a legenda dentro do filmes, como MP4, mais ai vem o problema, onde você vai assistir:
1 = Computador
2 = Aparelho de dvd
para cada caso você tem uma forma de fazer, então vamos lá, olha esquece isso de VCD ou SVCD, esse formato é antigo e foi feito para se gravar algum filme em Media de CDs comuns, apartir de agora é tudo DVD, entendeu!!!
eijoao, a maneira mais facil de se fazer isso seria com o windows, infelismente o Mac não tem muitos suporte para isso, to falando no caso de algo mais caseiro, a nivel profissional, existe muita coisa, mais isso não seria para você, então quando você baixar um filme ele vem com a extensão AVI, agora temos que analizar... se o filme esta dublado, legendado ou os dois, você vai precisar basicamente de dois programas, o handbrake e o Toast, o que você vai fazer, se o seu filme estiver dublado, você vai direto para o Toast e vai na parte VIDEO, lá tem um item chamado DVD-Video, isso na versão 10 do Toast, você vai clicar em adicionar e marcar o filme que você quer passar para dvd, agora se seu filme estiver legendado, você vai usar o handbrake primeiro, adiciona o filme e vai em Subtitles, lá tem uma opção chamada Add External SRT... nessa opção você vai adicionar a legenda, agora escolha o formato do seu video, que nesse caso pode ser MP4 ou MKV, ai fica a sua escolha, e depois repita o primento procedimento com o Toast, agora se o seu filme tem os dois, tanto legenda como o audio em portugues, ai infelismente você vai ter que escolher se você quer gravar, dublado ou legendado, os dois, seria algo um pouco complicado para ser esplicado aqui, mais isso já resolve o seu problema, agora quanto você as vezes conseguir gravar em MP4, você tem que voltar no site do Divx e baixar a versão dele Free, e colocar na maquina isso vai resolver.
Abraço e espero que as esplicações possa lhe ajudar.
Estevam