Só para constar, tentei resetar meu ipod (apertando e segurando os dois únicos botões do ipod touch até ele desligar) mas isto não foi suficiente, então apaguei todas as configurações e dados assim (conforme site da apple):
Pressione Especificações > Gerais > Redefinir > Apagar todos os conteúdos e especificações
Isso excluirá todos os dados e mídia. Além disso, todas as especificações (configurações) serão redefinidas.
Depois disto conectei ele no iTunes, restaurei as configurações (o iTunes faz cópias de segurança das suas configurações automaticamente) e sincronizei todas as midias.
Pronto, ipod funcionado novamente.
Parece que este problema se dá quando o micro trava por algum motivo e o ipod esta conectado a ele ou quando o ipod é retirado do micro de maneira indevida.