Amigo, acredito que existam duas alternativas que eu já ouvi falar, embora nunca tenha testado pois gosto do funcionamento padrão.
A primeira é o uso do Goodbye, plugin gratuito e aberto que pode ser instalado através do gerenciador de plugins MacForge e fecha o programa quando a última janela é fechada. A segunda é usar o programa BetterTouchTool (pago) e assinalar o botão de fechar a janela para executar o "Ctrl + Q", assim sempre que você clicar nele (o "x"), o programa irá fechar o aplicativo por definitivo. Acho que vale a tentativa de ver se o funcionamento é satisfatório.
Isso depende do app, e quem decide o comportamento é o próprio desenvolvedor.
Por exemplo, ao clicar no X numa janela de um navegador, você estará fechando a janela e suas abas, que é o comportamento do Command+W. Você está apenas encerrando aquela instância do app. Existem alguns apps que se encerram por completamente ao clicar no X, mas o comportamento mais comum é apenas encerrar a instância e o app ficar aberto consumindo pouco recurso de hardware e abrir instâncias/janelas mais rapidamente caso você queira.
Se esse comportamento te incomoda, recomendo se acostumar com o uso de teclas de atalho. Eu nunca uso aqueles três botões que ficam na barra superior do apps, geralmente uso Command+W pra fechar a janela/instância e quando quero encerrar por completo o app uso o Command+Q (que é o comportamento que você quer ao clicar no X). Se acostumar o uso de teclas de atalho e gestos no trackpad agiliza bastante o uso.