então vou dar meu relato que uso há 2 anos o Ipad Air (2019) e o apple pencil para estudos.
Eu uso o OneDrive como meu sistema de nuvem por conta da inclusão no pacote office que assino, então simplesmente o que faço é abrir os pdfs por ele e fazer as notas/grifos. Logo depois o backup é feito automaticamente. Frequentemente abro os pdfs no pc e estão lá minhas anotação e tal, o que me ajuda muito a escrever.
Infelizmente, por conta da pandemia acabei não usando o ipad para fazer anotações de aula/palestras por exemplo, mas um app que sempre esteve na minha mira foi o Good Notes que já falaram aqui. Nesse período como fui fazendo coisas mais simples usei direto o Notas que é uma mão na roda pois sincroniza com todo o ecossistema, mas meu principal programa para isso também é o OneNote (do pacote office) que funciona muito bem.
No fim, pela pandemia mesmo, acabei não explorando muitas opções de apps fora do pacote office e dos nativos do ipad pq não senti necessidade, mas creio que depois de tanto uso acabe ficando com eles mesmo, pois cobrem muito bem os principais recursos do aparelho e minhas necessidades.