Tive esse problema (ou talvez parecido) por muito tempo. Deixava o computador ligado para almoçar e quando voltava ao trabalho tinha o aviso de ejeção errada do HD externo. E sempre demorava para voltar a aparecer no Finder. Até que fui em Preferências do Sistema / Economizador de Energia. Estava configurado para colocar os discos rígidos em repouso "sempre que possível". Desabilitei isso. Também estava configurado para colocar o computador e o monitor em repouso após 1 hora. Decidi ampliar para 3h (mais que o tempo de almoço). Nunca mais tive esse problema.
