Eu tive esse problema e consegui resolvê-lo!
Eis o procedimento:
Abra sua Time Capsule pelo Finder. Clique com o botão direito do mouse. Clique em "mostar o conteúdo do pacote". Uma nova pasta será aberta com alguns arquivos e outra pasta. Apague esta pasta interna. Ela que contém a maior parte dos arquivos que está ocupando espaço. Depois disso você conseguirá apagar o arquivo .sparsebundle.