Pessoal, tive o mesmo problema e resolvi voltar aqui para deixar registrado, porque não dá pra perder tanto tempo quanto perdi!
Depois de formatar um MacBook Pro 2009, não conseguia instalar pela internet o El Capitan, pois já havia sido descontinuado da App Store.
Gerei um pendrive bootável e parti para a instalação por meio da mídia removível. Ocorre que, ao apertar o Option (Alt) na inicialização do computador, apenas o SSD era reconhecido. Tentei reiniciar por todas as formas possíveis, acessar o Utilitário de Segurança da Inicialização (que aparentemente só tem nos computadores com chip T2), mas nada dava certo.
Baixei outros OSs, mas também não dava certo.
Enfim, a solução do problema foi, quando estava na tela de identificação do disco de inicialização (na qual o do pendrive não aparecia), retirar e conectar novamente o pendrive na porta USB. Depois disso, ele apareceu na tela e executei os procedimentos conforme orientado no site de suporte da Apple.
Bom, é isso! Espero que dê certo para quem mais esteja passando pelo mesmo problema.