Eu uso o Assinador Serpro e o Acrobat. O primeiro é mais leve, simples, não afeta mais nada no computador e tem um selo que eu acho mais limpo, menos bagunçado.
O segundo é mais completo porque te permite outras funções além da assinatura, e também te permite inserir informações na metade esquerda do selo, como por exemplo a imagem da sua assinatura manuscrita. Só que a parte direita do selo você não tem como definir exatamente como quer, então ela mostra os dados do certificado como exatamente como eles estão gravados (nome em letras maiúsculas emendado com o cpf, etc), a data no ridículo formato americano (mês, dia, ano).
Por causa do selo e do fato de o Acrobat interferir nos programas do Office, além do peso muito maior, prefiro sempre o Serpo.
Mas há outros colegas aqui do forum que, salvo engano, preferem o Acrobat.