1 - Salvo engano, nenhum aplicativo de pdf vai resolver seu problema, porque eles não geram arquivos pdf.p7s. O Acrobat e o Foxit apõem um carimbo com a assinatura, visível no corpo do documento onde você escolher, mas não mudam o formato. Já nos arquivos pdf.p7s, muda o formato e o ícone do arquivo, mas nenhum sinal é estampado no corpo do documento indicando a assinatura.
Por outro lado, o próprio PJeOffice faz isso, na função “Assinador off-line”. Fiz o teste aqui e deu certo. Só não entendi porque ele tem essa função, já que o PJe não aceita a inclusão desse formato (p7s) no processo. Coisas da turma de TI...
De todo modo, o Acrobat Reader (de graça) tem a função de assinar igualzinha ao pago.
2 – OCR, redução e conversão pdf-Office e vice-versa: há várias ferramentas on-line que fazem isso, a mais completa que conheço é a https://www.ilovepdf.com. Faz tudo, menos assinar, inclusive converte para PDF/A, que você nem perguntou mas é necessário para o PJe.
Quase não uso mais essa ferramenta porque utilizo o Acrobat e o PDF Expert. Este último, apesar de limitado em muitos aspectos, pra mim é de longe o melhor de todos (experimentei vários antes de comprar) para estudar processos. As possibilidades de anotar e organizar são muito boas mesmo, se tiver algum melhor só se for para iPad, para computador acho bem difícil.
Outra coisa que percebi também é o seguinte: OCR não faz milagre, portanto não acho que valha a pena pagar por um aplicativo de pdf pra isso, porque o desempenho não será superior ao das ferramentas de graça na internet.
Outra coisa que só ficou mais claro pra mim agora: muita sacanagem que o preço que pagamos pelo certificado digital não inclua uma plataforma onde as pessoas pudessem conferir a autenticidade de documentos "particulares" assinados digitalmente. Nem a o carimbo do tempo é incluído...