Ninguém sabe o método que a Apple usa para aferir a capacidade da bateria. Eu, particularmente, não confio nos números que ela mostra. Acho que apps com mais "credibilidade" são o CoconutBattery (Mac) e o Battery Life (que, inclusive deixou de funcionar no iOS 12). Deixei essa paranóia de lado depois de ver meu iPhone X com 4-5 meses de uso, carregando a cada dois dias e com uso tranquilo, estar com 97% da capacidade, enquanto o Battery Life (no iOS 11) mostrava 99%.
Acho que a Apple, de certa forma, quer tirar a culpa dela da jogada ao mostrar que a bateria já se degrada com pouco tempo e, caso você não troque, vai perder a capacidade de processamento no aparelho.
E sobre a sua última dúvida, a qualidade e autonomia da bateria é a mesma na substituição (caso seja feita na Apple ou autorizada).